Le plan de topinambour peut être affecté par des maladies mycosiques lorsque les environnements de culture sont trop humides et chauds. Parmi les maladies cryptogamiques qui affectent les plants de topinambours, il y a :

-l’Oïdium qui touche les feuilles du topinambour est dû par l’’Erysiphe cichoracearum un champignon qui affecte la plupart des astéracées. Il se manifeste par la formation d’un feutrage blanc poudreux à la surface des tiges et des feuilles qui est composé de spores et de mycélium. Les feuilles touchées jaunissent puis meurent. Le moyen efficace pour éviter l’oïdium est d’éliminer les adventices qui sont sensibles à l’oïdium près des cultures de topinambour. Vous pouvez également pulvériser les plantes affectées avec une solution sulfurisée

-La rouille est provoquée par un champignon appelé Puccinia helianthi Schwein. Elle se traduit par l’apparition de pustules à urédospores sur les feuilles et parfois sur les tiges. Lorsque l’infection est à un stade avancé, les jeunes feuilles affectées arrêtent de se développer. Des urédies se forment sur le revers des feuilles.